Państwa członkowskie wyznaczają krajowe instytucje zarządzające EFS, które są odpowiedzialne za wybór projektów, wypłatę środków oraz ocenę postępów i rezultatów projektów. Państwa członkowskie powołują także jednostki monitorująco-kontrolne, których zadaniem jest monitorowanie i weryfikacja zgodności wydatków z rozporządzeniami dotyczącymi EFS. Wdrażanie EFS w terenie odbywa się poprzez projekty, które są zgłaszane i realizowane przez różnego typu organizacje, zarówno z sektora publicznego jak i prywatnego.
Symbol podklasy rodzaju działalności określony zgodnie z Polską Klasyfikacją Działalność, kalkulację kosztów związanych z podjęciem działalności gospodarczej oraz źródła ich finansowania, specyfikację i harmonogram wydatków w ramach wnioskowanych środków, przeznaczanych w szczególności na zakup środków trwałych, urządzeń, maszyn, materiałów, towarów, usług i materiałów reklamowych, pozyskanie lokalu, opłatę wpisowego lub wkładu do spółdzielni socjalnej oraz proponowaną formę zabezpieczenia zwrotu środków może to być: poręczenie (patrz definicje str. 23), weksel z poręczeniem wekslowym, gwarancja bankowa, zastaw na prawach lub rzeczach, blokada rachunku bankowego albo akt notarialny o poddaniu się egzekucji przez dłużnika.
Wspierane będą przede wszystkim przedsięwzięcia związane z podnoszeniem kwalifikacji zawodowych ludności, utrzymaniem stałego zatrudnienia, podnoszeniem kwalifikacji administracji państwowej, jak również działania przeciwko wykluczeniu społecznemu i wspierające rozwój potencjału adaptacyjnego przedsiębiorstw. Realizacja poszczególnych priorytetów odbywać się będzie na poziomie regionalnym i centralnym, przy czym na realizację na poziomie centralnym środki przeznaczone będą przede wszystkim na wsparcie systemu instytucjonalnego, natomiast na poziomie regionalnym na wsparcie osób i grup społecznych.
Aby te środki mogły być wykorzystane przez polskich beneficjentów, rząd przygotował Narodową Strategię Spójności, która określa priorytety i zakres wykorzystania funduszy strukturalnych oraz Funduszu Spójności w ramach budżetu Wspólnoty na lata 2007 2013. Dotacje unijne są narzędziem realizacji polityki regionalnej UE . Są one zasobem finansowym , który pomaga w modernizacji oraz restrukturyzacji gospodarek krajów UE poprzez zwiększanie spójności gospodarczej oraz społecznej tych państw.
W ramach Programu Innowacyjna Gospodarka dofinansowaniem objęte będą projekty przyczyniające się do wzrostu innowacji produktowej, marketingowej i procesowej, które bezpośrednio przyczyniają się do rozwoju przedsiębiorstw. Działanie te w dużym stopniu wpływają na umacnianie zdolności konkurencyjnej polskiej gospodarki w wymiarze międzynarodowym. PO IG nie będzie wspierał zmienności na poziomie lokalnym lub regionalnym. Tego rodzaju innowacyjność będzie promowana i wspierana w Regionalnych Programach Operacyjnych i Programie Operacyjnym Rozwój Polski Wschodniej.