W 1654 r. Mikołaj Stefan Pac, wojewoda troski, ufundował w Choroszczy drewniany klasztor dla ojców dominikanów przy kościele zbudowanym przez jego rodzinę. Na utrzymanie konwentu Zakonu Kaznodziejskiego przeznaczył znaczną sumę pieniędzy, 7 wsi w pobliżu Choroszczy oraz 12 włók ziemi. Mikołaj Stefan Pac mianowany biskupem wileńskim 22.V.1671 r. urzędował przeważnie w Choroszczy.

W 1938 r. z nieustalonych przyczyn kościół razem z wyposażeniem spłonął. W 1941 r. pociski artyleryjskie zniszczyły dach i wieżę. W 1944 r. wojska niemieckie wysadziły wieżę, która zniszczyła sklepienie świątyni. W latach 1945-1947 kościół odbudowano. W latach 1966-1975 został gruntownie odremontowany wewnątrz i na zewnątrz. Polichromię zaprojektował i wykonał profesor Wiktor Zin.

W 1997-1999 kościół został odremontowany z zewnątrz (zmieniono pokrycie dachu, odrestaurowano elewację, zainstalowano oświetlenie budynku kościoła). Na pamiątkę Roku Jubileuszowego 2000 uporządkowano teren cmentarza przykościelnego, ułożono nowe chodniki z kostki granitowej wokół świątyni.

Dominikanie pozostawali w Choroszczy do 1832 r., kiedy to zostali przez rząd carski wysiedleni. Zamieszkali w Różanymstoku, a parafia choroska przeszła pod zarząd księży diecezjalnych. W 1915 r. podczas działań wojennych kościół został uszkodzony, lecz wkrótce świątynię odremontowano i powiększono przez dobudowanie dwóch bocznych naw.

Choroscy dominikanie zyskali nowych protektorów, którzy pomogli im odbudować spalone zabudowania. W 1756 r. Jan Klemens Branicki na prośbę dominikanów zbudował murowany kościół parafia pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela i św. Szczepana oraz klasztor. Ufundował również przytułek dla ubogich, który prowadzili zakonnicy. Kościół konsekrowano w 1770 r.